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本院前身為聯勤第二肺病療養院。

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民國42年

成立於台中縣中興嶺

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民國48年

改編為陸軍第八○五總醫院

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民國59年

奉令移駐花蓮縣新城鄉。

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民國65年

分三期整建，於六十九年六月完成。

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民國75年7月

「健全軍醫組織案」實施，編併台東陸軍八三二醫院為本院台東分院。

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民國84年7月

「精進軍醫組織案」實施，本院改隸國防部參謀本部，番號變更為國軍八○五總醫院，由國防部軍醫局直接督導，擔負東部地區平、戰時地區醫療支援任務。

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民國87年7月

國軍「精實案」第一階段實施，番號變為「國軍花蓮總醫院」迄今。